Фамилия Зелепугина — это фонетический вариант более древней фамилии Зелепухина. Разница в написании (г вместо х) возникла из-за особенностей произношения в некоторых говорах: звук [х] перед гласным мог озвончаться или заменяться на [г] под влиянием диалекта. В основе обеих фамилий лежит мирское имя или прозвище Зелепуха.

В белорусском языке «зелепуха» означает «малый ребёнок, малец, карапуз». Скорее всего, это было языческое имя, которое давали младенцу и которое указывало на его крошечные размеры — по той же модели, что имена Малец, Малыш, Малюта. Такие имена были распространены на Руси, их давали до крещения, чтобы защитить ребёнка или просто по народной традиции.

Но есть и другая версия. Зелепухой могли прозвать уже взрослого человека, который вёл себя по-детски, проявлял незрелость суждений или несамостоятельность. Это прозвище легко приставало к тому, кто казался окружающим «зелёным» — неопытным, молодым и незрелым в делах. Корень здесь тот же, что у общеславянского слова «зелёный». На Украине, кстати, словом «зелепуга» до сих пор называют незрелые плоды вишни, черешни или сливы — то, что ещё зелёное и недозрелое.

Так что предок современных Зелепугиных мог быть либо маленьким ребёнком, получившим шутливое внутрисемейное имя, либо взрослым, за которым закрепилось прозвище по неопытности или ребячливости. Со временем прозвище перешло в фамилию, а вариант с буквой «г» закрепился в документах и стал самостоятельным — Зелепугина.