Фамилия Зелепугин — один из вариантов более древнего родового имени Зелепухин. В её основе лежит не церковное, а мирское имя или прозвище Зелепуха. В белорусском языке «зелепуха» означало «малый ребёнок, малец, карапуз». Поэтому, скорее всего, имя давали младенцу по его крошечным размерам, как и популярные на Руси имена Малец, Малыш, Малюта.

Однако тут есть и второй смысловой слой. Корень «зелен-» (общеславянский) указывает на цвет — зелёный. На Украине «зелепугой» называли незрелые плоды вишни или сливы. Отсюда прозвище мог получить и взрослый человек: тот, кто ведёт себя по-детски, несамостоятельно, или просто неопытный новичок — «зелёный» в переносном значении. Фамилия, таким образом, закрепилась за потомками либо очень маленького человека, либо того, кого в окружении считали незрелым.

Сам суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Зелепуги. А форма Зелепугин — фонетический вариант от Зелепухин, где «х» перешло в «г» (явление, характерное для некоторых русских говоров). Так что носитель фамилии Зелепугин в родстве с теми, кто носит фамилию Зелепухин.