Фамилия Зелепухин образована от прозвища Зелепуха, которое восходит к аналогичному украинскому слову. Зелепухой на Украине называют недозрелые, зеленые фрукты. Согласно этому, можно предположить, что Зелепухой могли прозвать юношу или взрослого человека, не имевшего опыта, навыков в чём-либо. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зелепуха, со временем получил фамилию Зелепухин.