Фамилия Зелепухин образована от прозвища Зелепуха. В основе лежит украинское слово «зелепуха» — так называют недозрелые, зелёные фрукты. Прозвище, скорее всего, давали молодому человеку или взрослому, который не имел опыта и навыков в каком-либо деле, был «зелёным» новичком. Словообразовательная модель проста: к основе Зелепух- добавлен типичный русский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Зелепухи). Фамилия закрепилась в южнорусских регионах и на Украине, где было распространено исходное слово. Встречаются и однокоренные варианты — Зелепухов, Зелепущенко, но форма с суффиксом -ин характерна для северных и центральных областей России, куда фамилия могла попасть вместе с переселенцами.