Фамилия Зелепухины, при ближайшем рассмотрении, оказывается связана не с каким-то определённым ремеслом или именем, а с метким народным прозвищем. В её основе лежит украинское слово «зелепуха». Так на юге России и Украине называли недозрелые, зелёные фрукты — те, что ещё не налились соком и не поспели.

Прозвище Зелепуха, скорее всего, давали не фруктам, а человеку. В переносном смысле так могли назвать молодого, неопытного юношу или взрослого, который в каком-то деле был «зелёным», не имел достаточных навыков и сноровки. Прозвище было образным и цепким, поэтому и закрепилось за человеком, а затем перешло к его детям.

Фамилия образована по стандартной для русской ономастики модели: к основе «Зелепух-» добавили типичный фамильный суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Зелепухи). Эта модель характерна для фамилий, произошедших от слов женского рода (в данном случае — «зелепуха»). Так потомки человека по прозвищу Зелепуха стали Зелепухиными.

Интересно, что фамилия эта не столичная, а скорее южнорусская или украинская по происхождению. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании: прозвище закрепилось в какой-то одной местности и не получило широкого распространения. В отличие от фамилий, образованных от крестильных имён, Зелепухины хранят память не о церковном календаре, а о живом народном языке, его наблюдательности и склонности к иронии.