Фамилия Зелепупкин звучит необычно, и первое, что приходит в голову — она как-то связана с зеленым цветом и неким «пупом». Это почти верно, но с важными оговорками. Основа фамилии — прозвище Зелепуп или Зелепупка. В русских говорах «зелепупый» или «зелепуп» могло означать «незрелый», «зеленый», то есть молодой, неопытный человек, «зеленый юнец». Вторая часть, «пуп», здесь не анатомическая, а скорее усилительная или пренебрежительная, как в словах «пупырь», «пупок» — что-то круглое, торчащее или просто эмоционально окрашенное. Прямого отношения к пупку как части тела прозвище не имело.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Зелепупкин — «сын Зелепупки». Такая модель характерна для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на -а, -я. То есть предок носителя фамилии был известен как Зелепупка, а его потомки стали Зелепупкиными.

Географически фамилия редкая, но встречается в центральных и южных регионах России. Встречаются варианты написания через «о» — Зелепопкин, что связано с аканьем (произношение «а» вместо «о» в безударной позиции и последующее закрепление на письме). Это не ошибка, а диалектная особенность.

В ономастических справочниках (например, у В. А. Никонова) подобные фамилии разбираются как образованные от прозвищ, даваемых по внешнему виду или характеру. Прямых аналогов у Зелепупкина много: Зеленухин, Зеленцов, Молодоженов — все они указывают на возрастную или качественную характеристику человека. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, был либо очень молодым, либо несерьёзным, неопытным человеком — «зеленым» в прямом или переносном смысле.