Фамилия Зелепупкина — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, сохранилось почти без изменений. В ней отчётливо слышится насмешливое, бытовое прозвище, которое в старину могли дать человеку за неловкость, рассеянность или забавную внешность. Разбираем фамилию по составу: корень «зелеп-» или «зелепуп-» (с чередованием гласных), суффикс «-к-» и фамильный суффикс «-ин», указывающий на принадлежность. Форма Зелепупкина — женская, мужской вариант — Зелепупкин.

Основа «зелепупка» (или «зелепка») в русских говорах означала нечто зелёное, незрелое — например, зелёный плод, неспелую ягоду. В переносном смысле так называли молодого, неопытного человека, «зелёного» юнца. Вторая часть — «пуп» — могла быть искажением или народным переосмыслением, но, скорее всего, прозвище было цельным: Зелепупка — тот, кто похож на зелёный пупырышек, недозрелый овощ или фрукт. Такие прозвища давали в деревнях детям или подросткам, а потом оно закреплялось за всей семьёй.

Географически фамилия встречается преимущественно на юге России, в Воронежской, Ростовской областях, а также на Украине. Это указывает на южнорусское или украинское происхождение: в украинском языке слово «зелепупок» известно в значении «незрелый плод» или «молодой огурец». Суффикс «-к-» характерен для украинских и южнорусских прозвищных фамилий, которые часто образовывались без добавления -ов: Зелепупка, а не Зелепупов.

Ономастические справочники (например, работы В. Никонова) подтверждают, что фамилии на «-пуп-» в русской среде редки и почти всегда связаны с прозвищами по внешности или характеру. Вариант Зелепупкин — не дворянская и не купеческая фамилия, а крестьянская, возникшая в среде, где прозвища давали метко и без обид. Если ваш предок носил её, он, скорее всего, был простым земледельцем, а прозвище досталось ему за молодость или за то, что в детстве был «зелёным», недозрелым — в прямом или переносном смысле.