Фамилия Зенакова — женская форма, а мужская — Зенаков. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Зенак. Чтобы понять, что оно значило, придётся разобрать корень. Скорее всего, перед нами вариант имени Зенон (от греческого «Зенон» — «божественный», «принадлежащий Зевсу»). В русских говорах имя Зенон нередко упрощали до Зен, а суффикс -ак придавал уменьшительно-ласкательный или бытовой оттенок: Зенак — «маленький Зен» или «сын Зена». Такая модель образования (имя + -ак) типична для северных и центральных областей России: ср. Иванак, Петрак.

Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с диалектным словом «зенки» (глаза). Прозвище Зенак могли дать человеку с большими или выразительными глазами. Но против этого говорит то, что в русской ономастике прозвища от частей тела обычно давались с суффиксом -ан (Зенан) или -ач (Зенач), а -ак чаще указывает на отношение к имени.

Фамилия Зенаков (и Зенакова) — редкая. Она не упоминается в массовых списках дворянских или купеческих родов, а значит, предки носителя, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Географически фамилия могла закрепиться в тех местах, где имя Зенон было в ходу — например, в старообрядческой среде или в регионах с греческим влиянием (юг России, Приазовье). Встречается она и в современной Беларуси, что тоже указывает на западнорусские говоры, где имя Зенон звучало как Зянон, а уменьшительное — Зенак.

Особенность фамилии — её «говорящий» суффикс. В русской системе фамилий на -ов/-ев обычно указывают на отчество: «чей сын?» — Зенаков. Но суффикс -ак в основе — это не стандартный патронимический суффикс, а прозвищный. То есть изначально человека звали Зенак, а уже его дети стали Зенаковыми. Такая цепочка встречается реже, чем фамилии от полных имён, и делает Зенаковых носителями редкой словообразовательной модели.