Фамилия Зерняк — редкий пример, где прозвище не успело обрасти типовым патронимическим суффиксом. В ней нет окончаний -ов, -ин или -ский, которые в русской традиции превращают прозвище в фамилию. Перед нами чистая основа, застывшая в именительном падеже: Зерняк. Такая модель характерна для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -ак, -як, -ук встречаются гораздо чаще, чем в великорусских землях. Поэтому первая и самая вероятная версия — географическая: предки носителя фамилии происходили с территории современной Украины или юго-запада Беларуси.

Слово «зерняк» в диалектах означает зерно, семечко, а в переносном смысле — мелкого, щуплого человека. Но есть и конкретное ремесленное значение: на юге России и Украине зерняками называли торговцев зерном или тех, кто обдирал зерно на крупу. В некоторых говорах так же именовали человека, который при сборе урожая подбирал за жнецами упавшие колосья, то есть занимался самой кропотливой и малодоходной частью жатвы. Таким образом, прозвище Зерняк могло указывать либо на профессию (мелкий торговец, крупоруш), либо на внешность (невысокий, худой), либо на социальный статус (бедняк, батрак).

Встречается и менее очевидная гипотеза, связывающая фамилию с тюркским словом «зерне» — «зернышко» или «мелкая дробь». В южных степных регионах, где русские и украинские крестьяне веками соседствовали с тюркскими народами, такие заимствования в прозвищах не редкость. Но она уступает славянской версии по простоте и распространённости: корень «зерн-» исконный для всех восточнославянских языков, и объяснять его заимствованием нет нужды.

В письменных источниках фамилия прослеживается с XIX века. В метрических книгах Киевской и Подольской губерний встречаются крестьяне и мещане с фамилией Зерняк. В советское время носители фамилии расселились шире, но основная их часть до сих пор сосредоточена в Украине и прилегающих областях России.

Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — её носители, судя по архивным данным, были в основном крестьянами и ремесленниками. Это фамилия-прозвище, которая прямо говорит о занятии или примете человека, жившего три-четыре века назад.