Фамилия Зерняев — одна из тех, где корень настолько прозрачен, что сразу вызывает ассоциации с зерном, но при ближайшем рассмотрении оказывается не таким однозначным. Основа здесь — прозвище Зерняй, которое могло произойти от слова «зерно». В старину так могли называть крестьянина, который торговал зерном, занимался его обмолотом или просто был запасливым, «зернистым» человеком. Однако есть и другая, более редкая версия: в южных и западных говорах «зерняй» или «зерня» иногда называли человека мелкого, худощавого, «как зернышко». То есть прозвище могло относиться не к роду занятий, а к внешности.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Зерняев — сын Зерняя. Это стандартная патронимическая модель, характерная для русских фамилий, образованных от прозвищ или имен, оканчивающихся на мягкий согласный или -й. В данном случае Зерняй дал Зерняева. Если бы основа была Зерняк, мы бы получили Зерняков, а если бы Зерня — Зернин.

Интересно, что фамилия Зерняев не слишком распространена и встречается в основном в центральных и южных регионах России, особенно в Воронежской и Курской областях. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть связано с местным диалектом: в черноземной полосе слово «зерно» было в ходу повсеместно, а «зерняй» как прозвище могло закрепиться за крестьянином, который славился урожаем или, наоборот, был прижимистым хозяином. В словаре Б. Унбегауна фамилия не выделяется отдельно, но по словообразовательной модели она вписывается в ряд таких фамилий, как Зернов, Зернин, Зернюков.

Спорных версий здесь немного, и самая слабая — связь с глаголом «зернить» (дробить, крошить). Она маловероятна, потому что такое значение сохранилось в основном в технических терминах, а не в бытовых прозвищах. Таким образом, Зерняев — это фамилия, прямо указывающая на хлеборобный быт предков, и ее носитель может с большой уверенностью предположить, что его далекий предок был связан с землей и зерном, либо же получил прозвище за свою мелковатую стать.