Фамилия Жабчиков — редкий пример фамилии, образованной не от церковного, а от мирского имени. В её основе лежит имя Жабчик, которое давали ребёнку по древней славянской традиции. Смысл такого имени был не в том, чтобы обидеть, а наоборот — защитить. Считалось, что если назвать младенца «нечеловеческим» именем, природа примет его за своего и передаст ему свои качества. В данном случае — те, которыми наделяли жабу: живучесть, способность приспосабливаться, связь с водной стихией.

Модель образования проста: мирское имя Жабчик (уменьшительное от «жаба») плюс типичный русский суффикс принадлежности -ов-. Фамилия буквально означает «сын Жабчика» или «из рода Жабчика». Суффикс -чик в имени указывает на уменьшительно-ласкательную форму, что характерно для имён, которые давали в быту, вне церковного календаря.

У фамилии есть однокоренные «родственники» в исторических документах. В труде С. Б. Веселовского «Ономастикон» упоминаются: Акинф (Онисифор) Жабин, строитель каменного храма, 1345 год, Новгород; и Никита Федорович Жабин, митрополичий слуга, 1510 год. Эти записи показывают, что корень «жаб-» в русских именах и прозвищах использовался с XIV века, причём у людей самого разного социального положения — от строителя храма до слуги митрополита. Фамилия Жабчиков, вероятно, возникла позже, когда от прозвища Жабчик стали образовывать фамилии уже по стандартной модели на -ов.

В отличие от распространённой фамилии Жабин, вариант Жабчиков встречается реже. Это объясняется тем, что суффикс -чик в основе — более поздний и локальный: такие уменьшительные формы активнее использовали в северных и центральных говорах. Поэтому предки Жабчиковых, скорее всего, жили в одном из этих регионов, и их прозвище закрепилось именно в уменьшительной форме, отличающей фамилию от более древних однокоренных аналогов.