Фамилия Жаботаева — редкая и с неочевидной этимологией. Её основа, Жабота, почти наверняка восходит к прозвищу, а не к крестильному имени. В русских говорах слово «жабота» (или «жабо́та») имеет несколько значений. Основное и самое вероятное — «забота, хлопоты, беспокойство». В этом случае прозвище Жабота могли дать человеку суетливому, вечно озабоченному делами или, напротив, тому, кто доставлял хлопоты окружающим. Менее распространённое, но тоже возможное значение — «шея, горло» или «воротник-жабо» (от французского jabot). Однако для фамилии, образованной в крестьянской среде, «заботливое» прозвище выглядит куда правдоподобнее, чем деталь одежды.

Модель образования фамилии — патронимическая по происхождению, но не от имени, а от прозвища. Суффикс -ев (в форме Жабота-ев-а) указывает на принадлежность: «сын (или дочь) Жаботы». Окончание -а типично для женского варианта фамилии, хотя в документах фамилия может склоняться и по мужскому роду — Жаботаев. Форма на -ев, а не на -ов, говорит о том, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или на -а, что и произошло.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам. Слово «жабота» в значении «забота» активно бытовало в украинском языке, а также в курских, воронежских и донских говорах. Встречаются однокоренные фамилии: Жаботинский, Жабо, Жаботенко. При этом Жаботаева стоит особняком — суффикс -ев и окончание -а выдают в ней скорее русскую или обрусевшую украинскую фамилию, а не чисто малороссийскую (где чаще встретилось бы Жабота или Жаботенко).

Сословное происхождение, скорее всего, крестьянское или однодворческое. Фамилия не фиксируется в старых боярских списках или дворянских родословных книгах, что типично для прозвищ, возникших в бытовой, а не в служилой среде. Носительница фамилии Жаботаева могла быть потомком человека, которого в деревне прозвали Жаботой за его хлопотливый нрав или за то, что он «жаботился» — то есть суетился, беспокоился о других.