Фамилия Жаботенко образована по распространённой в украинской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках в Поднепровье и Слобожанщине указывал на «малого», «сына» или «потомка» того, кто назван в основе. То есть Жаботенко — «сын Жабота» или «потомок человека по прозвищу Жабот».

Основа фамилии — слово «жабота». В русских и украинских говорах так называли зоб, нарост на шее у птиц или человека, а также просто горло, кадык. Прозвище Жабот могли дать человеку с заметной особенностью — например, с большим кадыком, зобом или толстой шеей. В переносном смысле — тому, кто много и громко говорил («жаботить» означало тараторить, болтать без умолку). Встречается и другая версия: в южнорусских диалектах «жабота» — это вид водяного растения или лягушка, но для фамилии эта версия менее вероятна, так как прозвища по внешности и поведению встречаются чаще, чем по растениям.

Географически фамилия тяготеет к центральной и восточной Украине, особенно к Полтавщине и Черкасщине, где суффикс -енко — самый массовый способ образования фамилий. В России Жаботенко встречается редко, в основном как след переселения украинских крестьян в XIX веке на Кубань, Дон и в Сибирь.

Интересно, что у фамилии нет параллелей с польскими или белорусскими формами на -ович, -ский, что подтверждает её чисто украинское происхождение. Среди однокоренных фамилий — Жаботинский (от названия местечка Жаботин), Жаботов, Жабот. Но Жаботенко стоит особняком: суффикс -енко здесь не привязан к топониму, а прямо указывает на прозвище предка.

По сословной принадлежности носители фамилии были преимущественно крестьянами и казаками. Дворянских родов Жаботенко в «Бархатной книге» или родословных сборниках Российской империи не зафиксировано. В метрических книгах XIX века фамилия встречается в основном среди мещан и казачьего сословия.

Коротко: Жаботенко — украинская фамилия, образованная от прозвища Жабот (по заметной черте внешности или поведения). Её носители — потомки человека, которого в своё время прозвали за горло, говорливость или шею.