Фамилия Жаксимов, скорее всего, имеет тюркское происхождение. В её основе лежит имя Жаксым, которое восходит к казахскому слову «жақсы» — «хороший», «добрый», «отличный». Таким образом, Жаксым — это пожелательное или качественное имя, которое давали ребенку с надеждой, что он вырастет хорошим человеком. Фамилия образована с помощью русского патронимического суффикса -ов, который означает «сын» или «потомок»: сын Жаксыма, то есть Жаксимов. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: ЖаксИмов.

В тюркской ономастике имена от слова «хороший» встречаются нередко, но фамилия Жаксимов относительно редкая. Это объясняется тем, что в русскую фамильную модель она вошла позже, чем исконно славянские фамилии, и распространена в основном в регионах с казахским населением — в Казахстане, Оренбургской, Астраханской областях России. В дореволюционных документах такая фамилия могла писаться через букву «ы» — Жаксымов, что точнее передаёт исходное произношение. Вариант с «и» закрепился, вероятно, под влиянием орфографических норм или при переписи населения.

С точки зрения социального происхождения, носители фамилии Жаксимов — это потомки казахов или других тюркских народов, которые в XIX — начале XX века получали фамилии по отцу при переходе к оседлому образу жизни или при записи в метрические книги. Среди предков могли быть скотоводы, земледельцы или воины, но конкретное сословие определить невозможно — фамилия не указывает на ремесло или знатность, а только на личное имя предка. Единственное, что можно сказать с уверенностью: основатель рода был человеком, которого окружающие называли «хорошим», и это прозвище или имя передалось потомкам.