Основой фамилии Ждакова послужило мирское имя Ждак. Мирское имя Ждак имеет схожую этимологию с глаголом «ждать», значение которого В.И. Даль в «Толковом словаре живого великорусского языка» определяет следующим образом: «быть в ожидании чего-либо, чаять, надеяться». Ждаком в старину называли долгожданного, желанного сына. Возможно также, что в основе фамилии Ждакова лежит не мирское имя, а прозвище Ждак – так могли прозвать терпеливого, выносливого человека. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ждак, со временем получил фамилию Ждакова.