Фамилия Желнинские (в исходной форме мужского рода — Желнинский) образована от прозвища Желна. В старину желной называли большого черного дятла. Прозвище могли дать человеку за внешнее сходство с этой птицей, за манеру поведения или за характерный черный цвет волос. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского зафиксировано прозвище Желна, бытовавшее в XV–XVII веках. Со временем прозвище закрепилось как наследственное имя, а затем перешло в фамилию.

Фамилия оформлена суффиксом -ский, что типично для украинских, польских и западнорусских фамилий, образованных от прозвищ. Суффикс -ин- в основе (Желнин-ский) указывает на принадлежность: «сын или потомок Желны». Такая модель встречается реже, чем прямое -ов/-ев, и говорит о более позднем или региональном способе образования.

О точном месте и времени возникновения фамилии Желнинские судить сложно: процесс формирования фамилий у славян был длительным и многослойным. Однако ясно, что в основе лежит живое народное прозвище, а не книжное или церковное имя. Фамилия Желнинские — редкий пример того, как название лесной птицы стало родовым именем и сохранилось в памяти поколений.