Фамилия Желнины хранит память о прозвище предка — Желна. В основе лежит слово «желна», которым в старину называли большого черного дятла. Однако прозвище это чаще носило переносный, иронический смысл. В разных говорах желной могли обозвать щеголя, который одевается ярко и броско (как пёстрая птица), докучливого просителя, который «долбит» одно и то же, косноязычного человека (по звуку, напоминающему крик птицы) или, напротив, скупца. Такая многозначность — обычное дело для русских прозвищ, и определить, какое именно значение имелось в виду в конкретном роду, уже невозможно.

Фамилия образована по простой и продуктивной модели: к основе прозвища Желн- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Желны). Исторический документ подтверждает древность этого имени: в 1534 году в Переяславле (ныне Переславль-Залесский) жил крестьянин Желнин Позняк Данилов. Запись показывает, что фамилия уже тогда существовала, а её носитель был крестьянином.

Слово «желна» — общеславянское, родственное литовскому gilna и латышскому dzilna (дятел). В русских говорах оно сохранилось до сих пор, например, в архангельских и вологодских. Поэтому географически фамилия Желнины могла возникнуть в северных и центральных областях России, где водится чёрный дятел и где слово было в ходу. Встречается она в основном в этих регионах, хотя отдельные ветви разошлись шире.

Споров у фамилии немного: альтернативных версий, кроме прозвищной, нет. Иногда пытаются связать её с рекой Желной или названием населённого пункта, но такие топонимы сами образованы от того же слова «желна» (по тёмному цвету воды или обилию птиц), так что прозвищное происхождение остаётся основным.