Фамилия Желнина происходит от прозвища Желна. В его основе лежит слово «желна» — так называют большого черного дятла с ярко-красной шапочкой. Прозвище, скорее всего, носило иронический оттенок и давалось докучливым просителям, которые «долбят» одного и того же человека, как дятел дерево. В некоторых областях России Желной называли косноязычного человека — за невнятную, отрывистую речь, похожую на стук клюва. А в ряде говоров это слово означало скупца, скрягу, что тоже метафорически связано с образом дятла, который упорно ищет и прячет добычу.

Слово «желна» общеславянское, родственное литовскому gilna и латышскому dzilna — «дятел». В древнерусском языке оно звучало как «жьлна», что указывает на праславянский корень žьlna. Интересно, что в отличие от нейтрального «дятел», слово «желна» в народной речи всегда несло дополнительную характеристику — либо внешнюю (черный, крупный), либо поведенческую (назойливый, приставучий).

Фамилия образована по самой распространенной в русском языке модели: к основе прозвища Желн- добавлен суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Желны). Форма Желнина — женский вариант, но в истории фамилия закрепилась за родом в целом. Мужской вариант — Желнин. Такая модель особенно характерна для северных и центральных областей России, где прозвища на -а давали чаще, чем на юге.

Встречается фамилия в основном в Поволжье и на Урале, есть носители в Кировской и Нижегородской областях. В старых переписных книгах XVII века упоминаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Желна, что подтверждает народное, недворянское происхождение фамилии. Редкий суффикс и яркая основа делают фамилию Желнина заметной среди множества фамилий от названий птиц (Соловьев, Воробьев, Дятлов) — она выделяется не только звучанием, но и неочевидной, но точной характеристикой предка.