Фамилия Желнин — одна из тех, что хранят в себе сразу несколько возможных историй, и разобраться в них помогает внимательный взгляд на слово-основу. В её центре — прозвище Желна. В древнерусском языке «желна» — это название большого чёрного дятла, птицы заметной и шумной. Но прозвище редко давали за внешнее сходство с птицей; скорее, за поведение, которое её напоминало.

Самая распространённая версия — ироническая. Желной могли прозвать человека, который слишком нарядно одевался, «щёголя», или же того, кто надоедал просьбами, как дятел долбит кору. Однако в некоторых говорах у слова было и другое значение — косноязычный, невнятно говорящий человек, а также скупец. Какое из значений легло в основу конкретной фамилии, теперь не установить, но все они рисуют живую, нешаблонную характеристику предка.

Сама фамилия образована по простой и типичной для северных и центральных областей Руси модели: от прозвища на -а с помощью суффикса -ин. Желна → Желнин — буквально «сын Желны» или «человек из рода Желны». Эта модель (без суффикса -ов, а с -ин) характерна для прозвищ, оканчивающихся на -а или -я, и часто встречается в северных и поволжских землях.

Первое документальное упоминание относится к первой половине XVI века. В работах историка Степана Веселовского зафиксирован крестьянин Желнин Позняк Данилов, живший в 1534 году в Переяславле. Это один из ранних письменных следов фамилии, и он подтверждает, что уже тогда Желнины не были редкостью в Залесской Руси. Само имя Позняк (от «поздний») — тоже прозвищное, так что перед нами человек, носивший не одно, а два прозвища, что для XVI века обычное дело.

В отличие от фамилий на -ов, которые часто указывали на патроним от полного христианского имени, суффикс -ин в фамилии Желнин выводит на первый план именно прозвище, а не имя. Это роднит её с такими фамилиями, как Молчанов, Грязнов или Кислов, где в основе — не имя святого, а живая черта человека.