Фамилия Желтковский — типичный пример польской модели образования фамилий с суффиксом -овск-/-евск-. В польской ономастике такие фамилии часто указывали на принадлежность к определенной местности или роду, но в данном случае основа прозрачна: она восходит к прозвищу Желток. А то, в свою очередь, берет начало от польского прилагательного żółty — «желтый». Именование Желток, скорее всего, описывало внешность первого носителя: светлые волосы, бледную кожу или, возможно, рыжеватый оттенок. Прямое цветовое прозвище — один из древнейших способов идентификации человека в общине, поэтому версия о происхождении от внешности выглядит убедительнее, чем гипотетическая связь с ремеслом (например, красильщиком) — для такого занятия в польском языке есть отдельные слова.

Фамилия Желтковский встречается в исторических документах, связанных с польским и литовским дворянством. Например, в Книге памяти Иркутской области упоминается поляк Карл Викентьевич Желтковский, родившийся в 1890 году в деревне Воронишки в Литве. Этот факт подтверждает географическое бытование фамилии на территории бывшей Речи Посполитой. Также в истории известен гетман Станислав Желтковский (правильнее — Жолкевский, но в русской передаче фамилия могла писаться по-разному), живший на рубеже XVI–XVII веков. Однако стоит различать: знаменитый гетман Станислав Жолкевский носил фамилию, образованную от названия местечка Жолква (ныне город Жолква во Львовской области), а не от прозвища Желток. Созвучие здесь случайное, и смешивать эти два рода не стоит — у них разная этимология.

Фамилия Желтковский могла также возникнуть как топонимическая: от названия населенного пункта вроде Желтки или Желтков. В Польше и Западной Беларуси встречаются деревни с похожими названиями, и тогда суффикс -ский указывал бы на выходца оттуда («из Желтков»). Но поскольку прозвищная версия лежит на поверхности и подтверждается словообразовательной моделью (сначала личное прозвище, потом фамилия через суффикс принадлежности), ее считают основной. Спор между этими двумя гипотезами не принципиален: в любом случае в основе лежит цветовой признак, и носитель фамилии был либо человеком со светлыми волосами, либо уроженцем места с «желтым» названием.