Фамилия Жемойтин звучит не по-русски, и это не случайно: её основа восходит к литовскому или древнепрусскому корню. В основе лежит слово, связанное с этнонимом жемойты — так называли одно из литовских племён, населявшее историческую область Жемайтия (Жмудь). Жемойтин — это типичная фамилия-прозвище, которую давали выходцу из Жемайтии или человеку, говорившему на жемайтском диалекте. В русских землях такое прозвище могли получить переселенцы из Великого княжества Литовского, особенно после вхождения западных земель в состав Российской империи.

Суффикс -ин указывает на модель образования от основы на -а или мягкий согласный. В данном случае исходным было прозвище Жемойта, а затем к нему добавили русский патронимический суффикс со значением «сын Жемойты» или «принадлежащий Жемойте». Это характерно для фамилий, которые формировались в среде, где смешивались прибалтийские и славянские традиции именования.

Встречается Жемойтин преимущественно в западных регионах России — в Псковской, Смоленской, Тверской областях, а также в Беларуси и на северо-западе Украины. Это зона, где исторически контактировали балтские и славянские народы. Редкость фамилии объясняется тем, что она не получила массового распространения: прозвище «литвин» или «жмудин» чаще переделывали в более привычные формы вроде Литвинов, а Жемойтин сохранил прямую отсылку к конкретному племени.

Интересно, что в польской ономастике существует фамилия Żemojcin, а в литовской — Žemaitis, что буквально значит «жемайт». Русский вариант с суффиксом -ин — это адаптация балтского корня к восточнославянской словообразовательной модели. Словари русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) относят Жемойтина к группе фамилий, образованных от названий народов и племён, но не от географических названий, а от самоназвания этнической группы.

Версия о связи с польским словом żemła (булочка) или с литовским žemė (земля) маловероятна: первая не объясняет суффикса, вторая дала бы форму вроде Жемятин или Земятин. Спорных гипотез здесь немного, и самая убедительная — именно этническая. Таким образом, предки носителя фамилии Жемойтин почти наверняка были выходцами из Жемайтии, которые переселились на восток и получили прозвище по месту происхождения.