Фамилия Жемойтина — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее, чем разбор корня. Она почти наверняка связана с Литвой, а точнее — с исторической областью Жемайтия (по-литовски Žemaitija, по-русски — Жмудь). Жемайтия занимала северо-запад современной Литвы, и её жителей называли жемайтами или, в старой русской передаче, жемоитами.

Отсюда и фамилия. В основе лежит прозвище Жемойта — так русские или поляки могли назвать выходца из Жемайтии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Жемойтин, то есть сын, потомок или человек из семьи Жемойты. Модель образования типична для северных и центральных русских говоров, а также для белорусской ономастики, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов.

Женская форма Жемойтина — это не отдельная фамилия, а грамматическое производное от мужской Жемойтин. В русской традиции такие фамилии склоняются по падежам и указывают на женщину из того же рода.

Корень здесь не славянский, а балтский. Литовское žemaitis означает «низовец» (от žemas — «низкий», «нижний»), то есть житель низменной части Литвы по сравнению с Аукштайтией — «верховьем». Так что фамилия Жемойтина в конечном счёте восходит к топографическому признаку, но не напрямую, а через этноним. Это роднит её с фамилиями вроде Литвинов или Поляков, только с более узкой региональной привязкой.

Встречается Жемойтина преимущественно в западных областях России и в Беларуси — там, где исторически были сильны контакты с литовскими землями. Встречаются и варианты написания: через «а» — Жамайтин, или с польским суффиксом -ский: Жемойтинский. Но форма на -ин остаётся самой характерной для русской среды, куда фамилия попала через крестьян и мещан, а не через дворянство.

По сословной принадлежности сказать что-то определённое сложно: носители фамилии не оставили заметного следа в истории, и это нормально для фамилии, возникшей из прозвища по месту выхода. Скорее всего, предки были крестьянами или ремесленниками, которые переселились из Жемайтии в русские или белорусские земли в XVII–XVIII веках.