Фамилия Жидяева образовалась от прозвища Жидяй, и её происхождение, скорее всего, связано с особенностями местности или внешности человека. Первая и самая надёжная версия отталкивается от слова «жидель» — вязкая, топкая грязь или болото. Прозвище Жидяй могли дать тому, кто жил у болота, в сырой низине. Подтверждает эту догадку и белорусское «жидель» в значении «жидкий», то есть тщедушный, щуплый. В таком случае прозвище описывало не место, а внешний вид предка — худого, слабого сложением человека.

Менее распространённая, но любопытная гипотеза связывает прозвище с названием древнего объединения племён — Жидель, которое якобы существовало в Поволжье и на Урале и означало «Семь огней» или «Семь племён». Если следовать этой версии, родоначальник Жидяевых происходил из тех земель. Однако в исторических источниках такое государство не зафиксировано, поэтому эта версия уступает первой по правдоподобию.

Наконец, встречается толкование от слова «жид» (еврей). В этом случае прозвище Жидяй указывало бы на национальность, но такая трактовка спорна: в русской ономастике прозвища от этнонимов нередки, но для фамилии Жидяева она менее органична, чем «болотная» основа, поскольку суффикс -яй чаще образует прозвища от качественных прилагательных и глаголов, а не от названий народов.

Так или иначе, суффикс -яй в основе — типичный для русских прозвищ, он придаёт слову разговорный, бытовой оттенок. Фамилия закрепилась в форме Жидяева через притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность к роду Жидяя.