Фамилия Жилицына — женская форма, а её основа, мужская фамилия Жилицын, образована от прозвища или нецерковного имени Жилец. В древнерусском языке «жилец» означало не просто того, кто живёт где-то, а постоянного обитателя, оседлого человека, в отличие от пришлого или бродячего. В документах XV–XVII веков слово «жилец» имело и более конкретное значение: так называли младший разряд служилых людей «по отечеству» — тех, кто нёс гарнизонную и сторожевую службу в Москве, но не имел поместий и жил на подворье. Прозвище Жилец мог получить либо человек, который давно и прочно обосновался на одном месте (в противовес новосёлу), либо, наоборот, тот, кто снимал угол, «жил в людях», не имея собственного дома. Второй вариант менее вероятен, потому что прозвища чаще давали по заметному признаку, а бездомность в крестьянской среде была скорее бедой, чем отличительной чертой.

Словообразовательная модель типична для русского Севера и центральных областей: суффикс -ин указывает на принадлежность «чей?» — Жилицын значит «сын Жильца» или «человек из семьи Жильца». Форма Жилицына, а не Жильцова, встречается реже и может говорить о диалектном произношении: в некоторых говорах «ь» перед «ц» выпадал или заменялся на «и», что давало «Жилица» вместо «Жильца». В писцовых книгах XVI–XVII веков фамилии на -ин от основ на -ец (купец → Купцын, молодец → Молодцын) фиксируются, но вариант Жилицын — один из более редких. Географически фамилия тяготеет к Вологодской, Архангельской и Костромской областям — регионам, где сохранялись архаичные прозвищные модели.

Спорных версий немного. Иногда Жилицына связывают с глаголом «жилить» (жадничать, отнимать силой) или существительным «жила» (скупой человек). Такая этимология возможна, но маловероятна: прозвища от «жилы» давали обычно с оттенком осуждения, и они образовывали фамилии типа Жилин или Жилкин. Суффикс -ицын в этом случае был бы нехарактерен. Поэтому основная версия — от «жилец» — остаётся и самой простой, и самой убедительной.

Сословно носители фамилии, судя по архивным данным, относились к крестьянам и посадским людям. Встречается она и в среде духовенства, но реже: если священник брал фамилию по месту службы, то скорее от названия села Жилицы (такие деревни есть, например, в бывшей Псковской губернии). Однако большинство Жилицыных — потомки тех самых оседлых жильцов, которые столетиями держались за свой клочок земли.