Фамилия Жинкова — женская форма фамилии Жинков. В её основе лежит мужское личное имя или прозвище Жинко, а оно, скорее всего, является уменьшительной формой от канонического имени Евгений. В русской народной традиции имя Евгений сокращали до Жени, а от «Жени» образовывали просторечные формы с суффиксом -к-: Женька, Женя, а в некоторых говорах — Жинко. Фонетический переход «е» в «и» («Женя» → «Жиня») встречается в диалектах, особенно там, где «е» перед мягким согласным произносится более закрыто.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов (в женском роде -ова) указывает на принадлежность — «сын Жинка» или «дочь Жинка». В украинской и белорусской традиции суффикс -ко (Жинко) часто закреплялся как фамилия без дальнейших приращений, но в русском ареале он легко обрастал -овым окончанием.

Менее вероятная, но возможная версия: основа от диалектного глагола «жинкать» — в некоторых говорах так называли жужжать, ныть или говорить монотонно. Тогда прозвище Жинко мог получить человек с гнусавым голосом или занудой. Однако эта гипотеза слабее: глагол редкий, а имя Евгений в форме «Женя» — массовое, и именно оно дало начало большинству фамилий с корнем «жин-».

Географически фамилия Жинков встречается в центральных и южных областях России, а также на востоке Украины. В дореволюционных переписях носители чаще всего были крестьянами или мещанами. Фамилия не относится к дворянским, но её носители могли быть грамотными сельскими жителями — писарями или церковнослужителями, так как имя Евгений в народе ассоциировалось с образованностью.

Сегодня фамилия остаётся довольно редкой. Её главная особенность — связь с разговорной формой имени, которая почти вытеснила книжное «Евгений» в быту, но закрепилась в фамилиях именно в диалектном звучании.