Фамилия Жмуйдин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней слышится что-то южнославянское или западнорусское, и это не случайно. Основа «жмуд-» отсылает к этнониму «жмудь» — так в древности называли балтское племя жемайтов, населявшее западную часть современной Литвы (Жемайтию). В русских землях слово «жмудь» или «жмудин» могло стать прозвищем выходца из этих мест: литвина, жемайта. Соответственно, Жмуйдин — это «сын жмудина», то есть потомок человека, переселившегося из Литвы или имевшего литовские корни.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: чей? — Жмуйдин. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или названий народов (ср. Литвин → Литвинов, Татарин → Татаринов). Однако здесь суффикс -ин присоединён не к основе «жмуд-», а к форме «Жмуйда» — вероятно, разговорному или диалектному варианту прозвища. Возможно, первоначально прозвище звучало как «Жмуйда»: так могли называть человека с «жмудскими» чертами — говором, внешностью или просто приезжего из Жемайтии. Фамилия Жмуйдин закрепилась в формах, близких к белорусской или псковской традиции, где часто встречаются фамилии на -ин от личных прозвищ.

Вторая версия, менее вероятная, связывает основу с глаголом «жмурить» (щурить глаза) или «жмудный» в значении «скупой» (от лит. žmudėti — «медлить, скупиться»). Но против этой гипотезы говорит отсутствие в фамилии характерного «р» или суффикса, типичного для глагольных прозвищ. Скорее всего, перед нами именно этническое прозвище, а не бытовое.

Географически фамилия Жмуйдин встречается в основном на западе России — в Псковской, Смоленской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает связь с историческими контактами русских и литовцев. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами — фамилии на -ин в этой среде были особенно распространены. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её простонародном происхождении.

В написании фамилии возможна путаница: иногда её ошибочно записывают как «Жмудин» (без «й») или «Жмуйдын». Но исходная форма с «й» перед «д» — характерная белорусская черта, где «жмуйда» произносится с йотацией. Так что правильное написание — Жмуйдин — сохраняет память о том, как прозвище звучало в живой речи.