Фамилия Жовтоконь — редкий пример украинского прозвища, которое стало фамилией без каких-либо суффиксов. В отличие от большинства русских фамилий на -ов или -ин, здесь мы видим так называемую «чистую» основу: прозвище просто закрепилось в быту и перешло в документы без переоформления. Это характерно для украинской ономастики, особенно для восточных и центральных областей.

Основа фамилии сложная: «жовто-» (жёлтый) и «-конь» (лошадь, конь). Скорее всего, прозвище Жовтоконь дали человеку, который владел или часто ездил на лошади желтоватой, соломенной масти. На Украине такую масть называли «жовта», «солом’яна» или «іржава» (рыжая с желтизной). Лошадь была главным средством передвижения и рабочим инструментом, поэтому прозвище по масти коня — распространённый приём: в тех же краях встречаются фамилии Сивоконь (сивый конь), Чорноконь, Білоконь.

Версия, что прозвище могло быть ироничным — якобы «жёлтый конь» указывал на хромоту, болезнь или плохую лошадь, — менее вероятна. В народной культуре цвет чаще служил точным описанием, а не насмешкой. К тому же в украинских говорах «жовтий» могло означать не только цвет, но и светловолосого, бледного человека, но тогда вторая часть прозвища («конь») остаётся без объяснения. Поэтому версия с мастью лошади — основная и наиболее логичная.

Фамилия редкая, встречается точечно в центральной и восточной Украине, а также среди потомков украинских переселенцев в России (Кубань, Воронежская область). В документах XIX века такие «чистые» фамилии часто записывали с русским окончанием -ов (Жовтоконев), но исходная форма сохранилась у носителей, помнивших родовое прозвище.