Фамилия Жунис — редкий случай, когда за основу взято мужское имя, а не прозвище или ремесло. Исходное имя — Жунис, оно же Юнис, и его происхождение раздваивается на две версии, обе с глубокими корнями.

Первая версия ведет к библейскому имени Иона, которое в арабской традиции превратилось в Юнис (Жунис). Переводится это имя как «голубь» — символ мира и чистоты. Иона почитается не только в христианстве, но и в исламе, поэтому имя распространено у народов, исповедующих ислам. Вторая гипотеза настаивает на исконно татарском происхождении того же имени Юнис (Жунис) со значением «миролюбивый». В этом случае родители, нарекая сына, желали ему жизни без врагов и конфликтов.

Обе версии сходятся в главном: в основе фамилии лежит пожелание мирного, спокойного нрава. Словообразовательная модель проста: фамилия образована напрямую от полной формы имени, без добавления типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Такое «чистое» оформление фамилии — верный признак ее относительно позднего возникновения или фиксации в среде, где фамилии еще не прошли через стандартную русскую «паспортизацию» с суффиксами принадлежности. Чаще всего подобные бессуффиксные фамилии встречаются у тюркских народов, в том числе у татар и башкир, а также у народов Северного Кавказа. Географически фамилия Жунис тяготеет к регионам с преобладанием мусульманского населения — Татарстану, Башкортостану, а также к странам Средней Азии.