Фамилия Жунисова образована от мужского имени Жунис (встречается также вариант Юнис). По основной версии, это арабская форма библейского имени Иона, которое значит «голубь». В мусульманской традиции пророк Юнус (Иона) почитается, так что имя могло нести религиозный оттенок, подчеркивая верность человека Аллаху. Есть и другая гипотеза: имя Жунис — исконно татарское, со значением «миролюбивый». В этом случае родители давали его ребенку, желая, чтобы у того не было врагов.

Словообразовательная модель проста: к основе Жунис добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую линию рода. В таком виде фамилия характерна для регионов с сильным татарским и казахским влиянием — например, для Алма-атинской области. В Книге памяти этой области зафиксирован Жунисов Куркенбай, 1900 года рождения, из села Рокаты.

Однокоренных фамилий несколько: Жунисов (мужской вариант), а также Юнисов — через начальное «йотированное» Ю. Разница в написании отражает разное произношение в тюркских диалектах: там, где звук смягчали, писали «Ю»; где произносили твёрже — «Жу». Фамилии на -ов/-ева — самый массовый тип в этой среде, так что Жунисова в ряду однокоренных — ровно та, что закрепилась в документах с русским окончанием.