Фамилия Женисова — женская форма мужской фамилии Женисов, и её происхождение неочевидно на первый взгляд. В основе лежит корень «женис-», который не является ни распространённым русским именем, ни очевидным прозвищем. Это сразу подсказывает, что фамилия могла возникнуть в среде, где русский язык соседствовал с тюркскими или кавказскими языками.

Самый вероятный путь — от тюркского имени Женис (вариант: Жанис, Жениш). В казахском и киргизском языках «женис» (жеңіс) означает «победа», «триумф». Имя с таким значением давали мальчикам как пожелание успеха в жизни. Фамилия Женисов, следовательно, образована по русской патронимической модели: к тюркской основе добавили русский суффикс -ов, что типично для народов, вошедших в состав Российской империи или длительно контактировавших с русскими. Женисова — прямая производная от этой фамилии.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с церковным именем Евгений. В просторечии Евгений мог сокращаться до Женя, а от уменьшительной формы Женис (как вариант Жениса) образовать фамилию. Однако суффикс -ис в таком случае нетипичен для русских прозвищ: обычно от Жени образуются Женин, Женюков, а не Женисов. Поэтому тюркская версия выглядит убедительнее.

Географически фамилия Женисова встречается в регионах с тюркским населением: в Казахстане, Башкортостане, Татарстане, а также в Оренбургской и Астраханской областях. Сословно предки могли быть как казахами или башкирами, принявшими русскую фамилию при учёте, так и русскими, получившими прозвище от тюркского соседа.

В написании обращает на себя внимание буква «ё»: она встречается редко, но в некоторых документах фамилию фиксируют как Женисёва. Ударение, скорее всего, падает на второй слог — Женисова, хотя в устной речи возможны варианты.