Фамилия Жупин — один из тех случаев, когда внешняя простота скрывает неочевидную основу. Она образована по типичной патронимической модели: суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на согласный или гласный. Но что стоит за этой основой? Главная версия — прозвище Жупа, которое давали человеку с какой-то характерной чертой.

В русских говорах слово «жупа» имело несколько значений. В одних регионах так называли неопрятного, неряшливого человека, в других — вялого, медлительного. Есть и более редкое значение — «кожух», «тулуп», но оно скорее могло стать прозвищем по одежде. Таким образом, предок Жупиных мог получить фамилию либо за небрежный внешний вид, либо за флегматичный характер. Прямой связи с фамилией Жуков (от «жук») здесь нет — это разные корни.

Версия с крестильным именем маловероятна. В святцах нет имени Жупа или Жупий, а попытки вывести фамилию от греческого или латинского корня выглядят натяжкой. Филологически надёжнее объяснение через прозвище от нарицательного слова.

Географически фамилия Жупин встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Кировской, Костромской областях. Это зона бытования севернорусского говора, где слово «жупа» было в ходу. Встречаются также варианты написания с двойной «п» — Жуппин, но они крайне редки и, скорее всего, результат ошибки в документах.

Сословная принадлежность предков Жупиных не прослеживается по фамилии. Судя по ареалу и основе, это могли быть крестьяне или посадские люди. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована.