Фамилия Жупина — женская форма, а её мужской вариант Жупин относится к типично русским фамилиям на -ин. Такая модель указывает на принадлежность: в основе лежит прозвище или имя, а суффикс -ин буквально означал «чей?» — то есть «сын Жупы» или «человек из семьи Жупы». Сама основа — «жупа» — в русских говорах звучит неоднозначно, и здесь стоит разобраться с двумя версиями происхождения.

Первая и наиболее вероятная: «жупа» — это диалектное слово, означавшее «суп», «похлёбка», а в некоторых регионах — «жидкая кашица». Прозвище Жупа могли дать любителю жидкой еды, либо, наоборот, человеку, который постоянно варил или продавал похлёбку. В этом случае фамилия Жупин — из разряда «кормильческих» прозвищ, как, скажем, Кашин или Борщин. Вторая версия связывает «жупа» с южнославянскими языками, где это слово обозначало «область», «округ» или даже административную единицу у хорватов и словенцев. Однако для русской фамилии такое заимствование маловероятно: если предок и был выходцем с Балкан, то прозвище скорее дали бы по месту, но суффикс -ин в таком случае встречается реже, чем -ский (Жупский). Поэтому версия с похлёбкой выглядит убедительнее.

Географически фамилия Жупин не привязана к одной губернии — она встречается и в центральных областях России, и на Урале, но нигде не образует плотных гнёзд. Это говорит о том, что прозвище было не слишком распространённым, а фамилия возникла в разных местах независимо. В дореволюционных переписях Жупины фиксировались в основном среди крестьян и мещан, то есть сословная принадлежность — самая обычная, без дворянских корней.

Отдельно стоит упомянуть ударение: в фамилии Жупина оно падает на первый слог — Жу́пина. Если бы ударным был второй слог (Жупина́), фамилия звучала бы как украинская, где суффикс -ина часто обозначает жену или вдову (например, Жупина́ — «жена Жупы»). Но для русского уха привычнее форма с ударением на «у». Таким образом, носительница фамилии может быть уверена: её предок, скорее всего, был человеком, которого в деревне знали как Жупу — то ли за любовь к горячему супу, то ли за профессию повара.