Фамилия Жупинская — одна из тех, что сразу выдают географическое происхождение носителя. Её основа — топоним, то есть название места, а суффикс -ск- указывает на связь с этим местом по принципу «откуда родом». В русской ономастике фамилии на -ский/-ская долгое время были приметой дворянства и духовенства, но к XIX веку распространились и среди других сословий, особенно на западе и юге России, а также в Беларуси и на Украине. Жупинская — форма женского рода; мужской вариант — Жупинский.

Корень фамилии — «Жупин-». Скорее всего, это название населённого пункта вроде Жупино, Жупин или Жупинка. Такие деревни и хутора с корнем «жуп-» встречаются в исторических документах, особенно в чернозёмной полосе и на территории бывшей Речи Посполитой. Само слово «жупа» имеет несколько значений. В южнославянских языках «жупа» — это область, округ или селение, а «жупан» — местный староста. В русских говорах «жупа» могла означать яму, рудник или соляной колодец, а также бедную одежонку. Поэтому предок Жупинский мог получить фамилию либо по названию деревни, где жил, либо по прозвищу, связанному с профессией (например, солевар или рудокоп) или внешним видом.

Версия о происхождении от прозвища «Жупа» (человек в плохой одежде) менее вероятна для фамилии на -ский, так как этот суффикс чаще привязывают к географическим названиям, а не к личным прозвищам. Прозвища обычно давали фамилии на -ов, -ев, -ин. Однако полностью исключать её нельзя: в некоторых диалектах «жупить» значило «бранить, ругать», и прозвище Жупа могло закрепиться за сварливым человеком. Но для Жупинской надёжнее считать исходной точкой деревню или село.

Сословно носители фамилии Жупинская, скорее всего, были выходцами из крестьян или мещан, получившими фамилию при переписи или переезде из своей волости. Встречается она нечасто, но стабильно фиксируется в западных областях России (Брянская, Смоленская) и в Беларуси. Если искать однокоренные фамилии, то это Жупин, Жупинов, а также более редкие Жупанский, Жупанов. Все они восходят к тому же корню, но разными путями: через прозвище, отчество или название местности.