Фамилия Жапина — женская форма, а её мужской вариант — Жапин. В русской традиции фамилии на -ин обычно образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я. В данном случае основа — Жап(а), и суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Жапин», то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Жапа.

Корень «жап» — редкий и спорный. Самая вероятная версия связывает его с диалектным словом «жапа» или «жабка», которое в некоторых говорах (особенно южнорусских и украинских) означало «лягушка». Прозвище Жаба было широко распространено на Руси: его давали человеку с большим ртом, выпуклыми глазами или неприятным голосом. Фамилия Жапин могла возникнуть как вариант через форму Жапа — уменьшительное или искажённое от «жаба». В пользу этого говорит и то, что в русской ономастике фамилии от названий земноводных встречаются нередко: Жабин, Лягушин, Квакин.

Менее распространённая, но возможная версия — связь с тюркским или кавказским именем Жап, которое могло быть сокращением от Жапар (Джапар) — «милостивый» или «щедрый» (от арабского «Джафар»). В таком случае фамилия могла появиться в среде русских, контактировавших с татарами, башкирами или народами Кавказа, где имена с корнем «жап» встречаются. Однако эта гипотеза слабее: фамилии от тюркских имён обычно сохраняют более полную форму (Жапаров, Джафаров), а Жапин выглядит как чисто русская модель с уменьшительным суффиксом.

Географически фамилия Жапин (и Жапина) встречается в основном в центральных и южных регионах России, а также в Поволжье. Встречаемость невысокая, что говорит о локальном происхождении — от прозвища в одной или нескольких соседних деревнях. В архивных записях XIX века можно найти крестьян и мещан с такой фамилией, преимущественно из Курской, Воронежской и Тамбовской губерний.

Таким образом, скорее всего, предки носителей фамилии Жапина получили прозвище за внешнее сходство с лягушкой или за особенности поведения. Это типичная «мирская» фамилия, которая закрепилась в крестьянской среде и дошла до наших дней без изменений.