Фамилия Жалина — отчество второго порядка: она образована от женского имени или прозвища Жаля через форму Жалин (чей? — Жалин сын, дочь). В основе лежит древнерусское мирское имя-оберег Жаля. Слово «жаль» в старину значило «горе, скорбь, печаль». Давая ребёнку такое имя, родители верили, что оно отведёт от него настоящее горе — злые силы не тронут того, кого уже «опечалили» именем. Это типичная модель славянских охранительных имён (ср. Нечай, Некрас, Нелюб).

Существует и другая, менее правдоподобная версия: связь с украинским словом «жаля» — «жнея», то есть женщина, занятая жатвой. В этом случае прозвище Жаля могла получить крестьянка-жница, а фамилия указывала бы на род занятий. Однако эта гипотеза слабее: во-первых, ареал бытования фамилии шире украинских территорий, а во-вторых, модель «имя-оберег» для женских основ в русских фамилиях встречается чаще, чем прозвища по сельскохозяйственной работе.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Жалин — «сын (или дочь) Жали». Со временем форма закрепилась как фамилия. Среди однокоренных — фамилии Жаль, Жалин, Жалкин, но Жалина выделяется именно женской основой, что для русских фамилий редкость: обычно в центре стоит мужское имя или прозвище. Здесь же исходное слово — женского рода, что делает фамилию интересным исключением в словообразовательной системе.