Фамилия Жужаевы — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе сразу несколько возможных объяснений, и разобраться в них помогает не столько очевидный корень, сколько суффикс. Модель образования здесь редкая: суффикс -аев указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивавшегося на -ай (Жужай). Это нестандартная форма: обычно русские фамилии образуются суффиксами -ов/-ев от основ на согласный или -ин от основ на -а/-я. Формант -аев встречается в основном у фамилий, возникших в южнорусских и украинских говорах, где окончание -ай в прозвищах было более распространено.

Самая правдоподобная версия связывает основу «Жуж-» с глаголом «жужжать». Прозвище Жужа или Жужай могли дать человеку с монотонной, тягучей речью, либо тому, кто постоянно ворчал или «жужжал над ухом». В русских говорах слово «жужа» фиксируется и в значении «назойливый человек» или «плакса». Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с диалектным «жужать» в значении «бить, колотить»; в таком случае прозвище могло относиться к драчуну или человеку с тяжёлой рукой. Третья версия — отголоски тюркских языков, где корень «жуж» или «джуз» мог означать «часть», «доля», но для фамилии с типично русским суффиксом это спорное объяснение.

Географически фамилия Жужаевы редкая и тяготеет к Поволжью и югу России. Встречается она преимущественно среди бывших государственных крестьян и однодворцев — сословий, где прозвища закреплялись особенно прочно и часто переходили в фамилии без изменений. В отличие от дворянских фамилий, образованных от крестильных имён, Жужаевы — яркий пример «уличной» фамилии, возникшей из бытового прозвища, которое характеризовало поведение или манеру общения конкретного человека.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Жужин, Жужлев, Жужлов — показывает, что все они образованы от одной основы, но разными суффиксами. Жужаевы стоят особняком именно благодаря форманту -аев, который указывает на южнорусский или украинский диалектный след. Если Жужин — типичная фамилия на -ин (от «Жужа»), то Жужаев — более редкий вариант, сохранивший полную форму прозвища.