Фамилия Зиннатуллины образована от арабского имени Зиннатулла, что значит «украшение Аллаха» или «богатство, дарованное Аллахом». В основе лежат два корня: «зиннат» (украшение, богатство) и «Улла» (Аллах). Имя это — не просто красивое звучание, а распространённый в мусульманском мире теофорный антропоним, то есть имя, включающее имя Бога. Оно встречается у татар, башкир и других тюркских народов, исповедующих ислам.

Фамилия закрепилась в русской ономастике через модель образования с суффиксом -ин, который в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Зиннатуллин, то есть сын Зиннатуллы. По сути, это русифицированная форма отчества, типичная для фамилий тюркского происхождения, которые вошли в русский быт в XV–XVII веках. В этот период многие выходцы из Золотой Орды, а также татарские и башкирские роды переходили на службу к русским князьям, принимали православие или оставались в своей вере, но их имена и прозвища фиксировались в документах с русскими окончаниями.

В отличие от распространённого мнения, связывающего фамилию исключительно с «ордынским» дворянством, Зиннатуллины — это скорее фамилия, массово закрепившаяся среди крестьян и мещан Поволжья и Приуралья. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века её носители чаще всего записаны как государственные крестьяне или тептяри. Географически фамилия плотнее всего сосредоточена в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях.

Ударение в фамилии обычно падает на последний слог: Зиннату́ллин. Встречаются варианты написания с одной «н» (Зинатуллин) — это упрощённая транслитерация арабского имени, но исходная форма с удвоенной «нн» точнее передаёт арабскую графику.