Фамилия Злобинец образована по продуктивной восточнославянской модели от географического названия. В её основе лежит прозвище Злобинец, которое давали выходцу из одного из многочисленных селений с именем Злобино. Такие деревни встречаются в Тульской, Московской, Владимирской, Ивановской, Кировской, Тверской и других областях России. Именно поэтому точно определить, из какого именно населённого пункта происходил предок носителя этой фамилии, невозможно. Суффикс -ец в таких прозвищах (ср. Воронежец, Казанец, Томилец) как раз и указывает на человека «оттуда»: житель Злобина — Злобинец.

Существует и вторая, менее географическая версия. Согласно ей, прозвище Злобинец напрямую связано с существительным «зло». Однако маловероятно, что так называли неприветливого или злого человека. Скорее всего, в этом случае прозвище выполняло охранительную функцию — служило оберегом. Родители, надеясь вырастить доброго и милого сына, нарекали его Злобинцем, чтобы злые силы «не позарились» на настоящего, хорошего ребёнка. Такая практика давать детям «плохие» имена для отвода сглаза была широко распространена в древнерусской традиции (ср. Некрас, Неустрой, Дурак).

Из двух версий первая — топонимическая — выглядит правдоподобнее. Она опирается на распространённую модель образования русских фамилий от названий деревень, а также на то, что фамилия Злобинец встречается в регионах, где есть соответствующие топонимы. Версия с оберегом возможна, но менее типична: чаще такие «охранительные» прозвища становились личными именами, а не основой для фамилии через оттопонимический суффикс.