Фамилия Зобенина — женская форма фамилии Зобенин, и её происхождение уходит корнями в северные и центральные говоры Руси. Основа фамилии — слово «зоб» или «зобень». В диалектах «зоб» означало не только болезненное разрастание на шее (зоб), но и мешок, сумку, котомку — отсюда и «зобень» как название корзины или заплечного мешка. Скорее всего, прозвище Зобеня получил человек, носивший с собой такую котомку: странник, торговец, либо просто запасливый хозяин. Менее вероятно, но возможно, что прозвище дали по внешнему признаку — из-за заметного зоба на шее.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зобенин — «сын Зобени» или «человек из семьи Зобени». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. В ономастическом словаре Б. Унбегауна подобные фамилии (Зобов, Зобнин, Зобин) рассматриваются как производные от того же корня, и Зобенин стоит в этом же ряду.

Географически фамилия Зобенин (и Зобенина) встречается в основном в северных областях — Архангельской, Вологодской, а также в Пермском крае. Это согласуется с диалектным словом «зобень», которое было распространено именно в севернорусских говорах. Выходит, предки носительницы фамилии могли быть крестьянами или ремесленниками из тех мест, где зобенями называли плетёные короба для сена или грибов.

Есть и вторая, более редкая версия: от личного имени «Зобеня» — уменьшительной формы от Зосима или Захария. В старину такие сокращения (Зобеня, Зобка) встречались в быту, но подтверждений этому мало, и большинство исследователей склоняются к прозвищному происхождению от слова «зобень».