Фамилия Зонин — одна из тех, что образованы от имени или прозвища, которое сегодня почти забыто. В её основе лежит древнерусское нецерковное имя Зоня. В старину так могли назвать ребёнка, и имя это, скорее всего, связано с диалектным глаголом «зонить» — звенеть, издавать звонкий звук, или с существительным «зоня» — непоседа, тот, кто постоянно шумит и вертится. Таким образом, первый носитель фамилии, Зоня, мог быть прозван за свой голос или беспокойный нрав.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зонин означает «сын Зони» или «из дома Зони». Это типичная модель для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а или -я. По такой же схеме сложились, например, Пушкин (от Пушка) или Ильин (от Илья). Географически фамилия Зонин встречается в основном в центральных и северных областях России, что характерно для фамилий на -ин, которые исторически преобладали в новгородских и владимирских землях.

В отличие от распространённой версии, связывающей фамилию с греческим именем Зосима (разговорная форма Зон), более правдоподобным выглядит исконно русское происхождение от прозвища. Дело в том, что полные церковные имена редко усекались до формы «Зоня» без промежуточных ступеней, а вот бытовое прозвище, данное по характеру, — самый частый источник фамилий у простых крестьян и ремесленников. Поэтому предки современных Зониных, скорее всего, не имели отношения к монашеству или церковной иерархии, а были обычными людьми, получившими прозвище за живость или звонкий голос.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения за счёт знати — она осталась в крестьянской и мещанской среде, что подтверждается данными переписей XIX века. Встречается также вариант Зонин с ударением на первый слог, что свойственно северным говорам, и на второй — в южных и центральных регионах.