Фамилия Зонина образована от имени Зоня — уменьшительной или обиходной формы нескольких православных имён. Чаще всего Зоней называли Зосиму. В переводе с греческого Зосима означает «подпоясывающийся» или «готовящийся к состязанию, путешествию». Один из покровителей этого имени — мученик Зосима, живший в городе Аполлония (Фракия) во времена императора Траяна. Он оставил военную службу, принял христианство и погиб мученической смертью. Однако имя Зоня могло относиться и к другим греческим именам: Изот («жизненный, животворный») и Созон («спаситель»). Выбор одной из этих основ часто зависел от местной традиции произношения.

По суффиксу видно, что фамилия Зонина — женская форма, соответствующая мужской Зонин. Модель образования простая: к основе «Зон» добавили типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на родство («чей?» — Зонин сын, Зонина дочь). Такие фамилии обычно носили люди из простого сословия: крестьяне, мещане, ремесленники. В документах представители рода Зониных встречаются в Памятных книгах. Например, в Книге памяти Ульяновской области значатся Александр Петрович Зонин (1887 года рождения, уроженец Ульяновской области) и Иван Макарович Зонин (1856 года рождения, житель Ульяновска).

Среди известных носителей фамилии — советский футболист и заслуженный тренер СССР Герман Семёнович Зонин, а также литературовед Александр Ильич Зонин.