Фамилия Зоткин образована от имени, которое в русской традиции имеет двойную основу. С одной стороны, это каноническое мужское имя Зотик, с другой — его более распространённая на Руси форма Изот. Оба восходят к греческому слову со значением «животворный, дающий жизнь». В повседневном обиходе полные церковные имена быстро заменяли уменьшительными вариантами. От имени Изот образовали ласкательную форму Зотка — именно она и легла в основу фамилии. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Зоткин буквально означает «сын Зотки» или «потомок Зотки».

Интересно, что в старину имена Зотик и Изот нередко путали или считали вариантами одного имени, хотя с точки зрения происхождения это разные греческие корни. Однако в быту различие стёрлось, и фамилия Зоткин вобрала в себя обе линии. Встречаются и однокоренные фамилии: Зотов, Зотчев, Зотков — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксальными моделями. Зоткин — одна из самых прозрачных по словообразованию: здесь хорошо видна основа (Зотк-) и типичный для русских фамилий суффикс принадлежности.

Географически фамилия Зоткин чаще всего фиксируется в центральных и северных областях России, где была сильна традиция «уличных» имён. Носители фамилии в прошлом могли быть крестьянами или посадскими людьми — фамилия не указывает на принадлежность к дворянскому сословию, а значит, предки были простыми людьми, чьё имя в документах записали через уменьшительную форму.