Фамилия Зоткина образована от мужского имени Зотик (каноническая форма — Зотик, от греческого zotikos — «животворный, дающий жизнь»). Уменьшительная форма Зотка, Зотко дала основу, а суффикс -ин указал на принадлежность: «чей?» — Зоткин, то есть сын или дочь Зотки. Женская форма Зоткина закрепилась в обиходе как фамилия жены или вдовы, а затем как наследственная фамилия для всех потомков.

Имя Зотик в святцах связано со святым мучеником Зотиком Сиропитателем, жившим в IV веке и известным заботой о больных и сиротах. Однако в народе имя часто упрощалось: Зот, Зотик, Зотка. Отсюда и пошли родственные фамилии — Зотов, Зотиков, Зоткин. Фамилия Зоткина, таким образом, стоит в одном ряду с ними, но с характерным суффиксом -ин, типичным для северных и центральных областей России, где отчества на -ин были особенно распространены.

Встречаемость фамилии Зоткина выше в регионах с исторически сильным влиянием новгородских и вятских говоров — например, в Кировской, Нижегородской областях, в Пермском крае. Связано это с тем, что именно там имя Зотик (Зот) бытовало чаще, чем в южнорусских землях.

Если говорить о социальном контексте, то носители фамилии Зоткины, скорее всего, относились к крестьянскому или мещанскому сословию: фамилии на -ин редко встречались у дворянства, которое предпочитало формы на -ов/-ев или -ский. В писцовых книгах XVII века встречаются упоминания крестьян Зоткиных в вотчинах под Суздалем и Вологдой, что подтверждает простонародное происхождение.