Фамилия Зубилин — редкий случай, когда основа ясна не сразу. В ней слышится «зуб», но суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Зубилин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Зубила. Не Зуб, а именно Зубила. Разница принципиальная.

Прозвище Зубила могли дать человеку с крепкими, крупными зубами, но в русских говорах у слова были и другие значения. В архангельских и вологодских диалектах «зубила» — это не только инструмент, но и бойкий, резкий на язык человек, тот, кто «зубаст» в разговоре. В некоторых регионах так называли упрямца, который «грызёт» своё, не уступает. То есть прозвище чаще характеризовало характер, а не внешность.

Модель образования — типичная для северных и центральных областей России. Суффикс -ин крепится к основе на -а, образуя притяжательное прилагательное: Зубила → Зубилин. Фамилии на -ин от прозвищ с окончанием -а встречаются реже, чем от имён на -а (Гаврила → Гаврилин), но именно это делает Зубилина более конкретным по происхождению — не от имени, а от живого прозвища.

Встречаемость фамилии невысокая. Судя по данным переписей и телефонным справочникам, основные очаги — Нижегородская область и юг Вологодчины. Это косвенно подтверждает диалектную версию: именно в этих местах слово «зубила» в значении «острослов» или «спорщик» было в ходу.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Зубов, Зубарев, Зубакин) показывает, что Зубилин стоит особняком. Зубов — от прозвища Зуб (прямое указание на зуб или возрастной признак), Зубарев — от ремесла или прозвища Зубарь (кто зубы делает или вырывает). А Зубилин — единственный, кто идёт от глагольной формы на -ила, то есть от активного действия или свойства. Предок-носитель фамилии, скорее всего, был человеком с характером: не просто обладал зубами, а умел ими «пользоваться» — в прямом или переносном смысле.

Сословной привязки у фамилии нет. Зубилины могли быть и крестьянами, и посадскими, и служилыми людьми — прозвище не указывает на профессию. В писцовых книгах XVII века следов фамилии не обнаружено, что говорит о её более позднем оформлении, вероятно, в конце XVII — начале XVIII века, когда прозвища окончательно закрепились как наследственные фамилии.