Фамилия Зыкалина — это женская форма фамилии Зыкалин, а та, в свою очередь, образована от прозвища Зыкало. В основе лежит глагол «зыкать», который в русских говорах имел целый веер значений: «кричать, звать, вопить», «рыдать», «издавать протяжный звук» или «крикливо петь». Проще говоря, так могли прозвать человека с громким голосом — шумного, крикливого, того, кто постоянно на виду и на слуху.

Есть и вторая, более бытовая версия: «зыкать» могло означать «плакать навзрыд». В этом случае прозвище Зыкало давали капризному, плаксивому ребенку, и оно могло быть не прозвищем, а дохристианским личным именем-оберегом. Такие имена не были редкостью: считалось, что, назвав ребенка Плаксой или Зыкалом, родители отводили от него настоящие беды.

Не исключён и профессиональный след. Прозвище могло закрепиться за певцом — человеком, который «зыкал» на клиросе или в хоре, то есть пел громко, протяжно, заливисто. В этом случае фамилия указывает не на характер, а на род занятий предка.

Однокоренные именования встречаются в исторических документах. В «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминаются: слуга митрополита Зык Обобуров (XV век), помещик Зык Моисеев (1539 год), Зык Васильев Кутузов (1545 год), а также крестьяне Артемий Зыкун (конец XV века) и Зычко (1551 год, Новгород). Как видно, корень «зык-» был в ходу на протяжении нескольких столетий и встречался в разных социальных слоях — от слуг до помещиков.

Суффикс -ин в фамилии Зыкалин указывает на принадлежность: «чей?» — Зыкалин, то есть сын или потомок Зыкалы. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Сама фамилия редкая, в отличие от более распространённых однокоренных — Зыков, Зыкин, Зыкунов.