Фамилия Зюбаненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В XVII–XVIII веках этот суффикс в Поднепровье и Слобожанщине стал главным маркером фамилий: он означал «сын» или «потомок», а со временем закрепился как родовое имя независимо от возраста носителя. Зюбаненко — буквально «сын Зюбана».

Корень Зюбан- восходит к прозвищу или личному имени Зюбан. Скорее всего, в основе лежит украинское слово зюба — так в юго-западных говорах называли губу или рот, иногда — ротозея, зеваку. Прозвище Зюбан могли дать человеку с приметной губой, с постоянно открытым ртом или просто нерасторопному. Встречается и параллель с глаголом зюбати (ковырять, долбить), но эта версия менее вероятна: прозвища от частей тела на Украине давали куда охотнее, чем от действий.

В русских говорах слово «зюба» имеет иное значение — «зяблик» (птица), но для украинской фамилии это скорее случайное созвучие. Украинский ареал фамилии подтверждается и суффиксом: -енко почти не встречается в великорусских землях, зато плотно покрывает Полтавщину, Черниговщину, Киевщину и Харьковщину.

Сословно Зюбаненко — типичная казацкая или крестьянская фамилия. В реестрах Запорожского войска и в исповедных ведомостях XVIII века такие фамилии на -енко фиксировались у рядовых казаков, мещан и посполитых. Дворянской ветви у этой фамилии нет, потому что в основе — просторечное прозвище, а не церковное имя или географическое название.

Сравните с родственными фамилиями: Зюба (без суффикса), Зюбенко (с другим вариантом суффикса), Зюбанов (обрусевшая форма с -ов). Все они — вариации одного корня, разошедшиеся по разным регионам и моделям словообразования. Зюбаненко — самая «украинская» из них, и если предки носили именно её, то с высокой вероятностью они жили в Левобережной Украине до середины XIX века.