Фамилия Зюлин образована от личного имени или прозвища Зюля. Сразу скажем, что единого мнения о происхождении этой основы нет, и лингвисты предлагают несколько версий. Самая распространенная связывает имя Зюля с литовским словом zylė — «синица». Имена по названиям птиц и животных были обычным делом у многих народов, так что человек мог получить такое прозвище за сходство с этой бойкой птицей, например, за неугомонность или небольшой рост.

Есть и другая гипотеза, которая ведет прозвище Зюля к польскому слову zulke — «желчь». В прямом смысле так могли назвать болезненного человека, но нередко в основе прозвищ лежало переносное значение: желчь как символ раздражения, злобы. В таком случае Зюлей могли прозвать человека с тяжелым, сварливым характером.

Сама фамилия построена по простой и типичной для русской ономастики модели: к основе Зюл- добавился патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Зюлин, то есть сын Зюли). Эта модель преобладает в северных и центральных областях России, где фамилии на -ин так же распространены, как на юге фамилии на -ов.

Стоит заметить, что у фамилии есть и редкий вариант написания — Зюллин, с удвоенной «л», но он встречается значительно реже и, скорее всего, возник из-за ошибки в документах или под влиянием финно-угорских языков, где удвоение согласных — обычное дело.