В основе фамилии Зюзькин лежит прозвище Зюзька — производная форма нарицательного «зюзя». В вологодском же диалекте нарицательное «зюзя» означало «смирный». Таким образом, прозвище Зюзька может указывать на привычки либо на особенности поведения или характера предка. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Зюзька происходит от глагола «зюзюкать», то есть «картавить, шепелявить, нечисто произносить шипящие буквы». Поэтому не исключено, что прозвище Зюзька указывало на манеру речи предка. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Зюзька, со временем получил фамилию Зюзькин.