Фамилия Зюзькин образована от прозвища Зюзька. В его основе лежит нарицательное «зюзя», которое в вологодских говорах означало «смирный, тихий человек». Скорее всего, прозвище закрепилось за предком из-за его покладистого нрава или спокойного поведения. Но есть и другая версия: прозвище могли дать по манере речи. Глагол «зюзюкать» в тех же диалектах значил «картавить, шепелявить, нечисто выговаривать шипящие». Если предок говорил невнятно или с дефектом, окружающие легко могли окрестить его Зюзькой.

Фамилия построена по продуктивной модели на -ин, которая в русском языке указывает на принадлежность: «чей?» — Зюзькин, то есть сын или потомок Зюзьки. Суффикс -ин обычно присоединялся к основам на -а/-я, что как раз подходит к прозвищу Зюзька. Такая модель была особенно распространена в северных и центральных губерниях России, что косвенно подтверждает вологодское происхождение корня.

В ономастических справочниках (например, в работах Б. Унбегауна) фамилия Зюзькин не упоминается как широко распространённая, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она осталась в пределах Вологодчины или соседних регионов. От того же корня «зюзя» образованы фамилии Зюзин, Зюзев, Зюзинский, но Зюзькин стоит особняком из-за суффикса -к- в основе: Зюзька — это не просто «зюзя», а уменьшительно-бытовая форма, какими в деревне называли своих. Такая форма могла бытовать в кругу семьи или среди близких соседей, а потом закрепиться как фамильное имя.

Таким образом, носитель фамилии Зюзькин может считать своим предком либо смирного, незлобивого человека, либо того, кто шепелявил или картавил. Обе версии правдоподобны, и выбрать одну без дополнительных генеалогических сведений сложно.