Фамилия Зюзькина образована от прозвища Зюзька. В основе этого прозвища лежит нарицательное «зюзя», которое в вологодских говорах означало «смирный, тихий человек». Следовательно, прозвище могло характеризовать спокойный нрав или особенности поведения предка. Есть и иная версия: прозвище Зюзька могли дать человеку, который «зюзюкал», то есть картавил, шепелявил или нечисто выговаривал шипящие звуки. В этом случае фамилия указывает на манеру речи. Какая из гипотез вернее — сказать сложно, но обе имеют право на существование.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Зюзькин, то есть сын, потомок Зюзьки. Женская форма Зюзькина закрепилась в документах. Фамилия редкая, её география, скорее всего, связана с северными и центральными областями России, где были распространены диалектные слова «зюзя» и «зюзюкать». Однокоренные фамилии — Зюзин, Зюзько, Зюзюкин — встречаются чаще, но все они восходят к тому же корню. В целом, фамилия Зюзькина — яркий пример того, как прозвище, данное по характеру или речи, закрепилось в родовом имени.