Фамилия Абаиханова — женская форма фамилии Абаиханов, которая образована по редкой для русской ономастики модели. В основе лежит тюркское составное имя Абай-хан (или Абайхан), где «Абай» — это старший брат, дядя, наставник (в переносном смысле — уважаемый, почтенный), а «хан» — титул правителя, владыки. Полное имя означает «почтенный правитель» или «уважаемый хан». Такие имена-титулы были распространены у народов Северного Кавказа, тюркских групп Средней Азии и Поволжья.

Суффикс -ов- в мужской форме фамилии (Абаихан-ов) указывает на принадлежность: «сын Абайхана». Окончание -а в женском варианте — стандартный способ русификации фамилий в русском языке, когда дочь или жена носит фамилию отца или мужа. Подобная модель характерна для фамилий, возникших в XIX–XX веках у народов, вошедших в состав Российской империи, когда фиксация фамилий проходила через русскую администрацию.

Географически фамилия Абаиханова чаще всего встречается в регионах проживания кумыков, ногайцев, казахов, а также у народов Дагестана. Исходное личное имя Абайхан могло быть дано ребёнку в знак уважения к старшему родственнику или как пожелание высокого социального статуса. Встречается также вариант без суффикса — Абайханова, что может говорить о более поздней записи фамилии по исходной форме имени.

Словообразовательная модель «имя + хан + ов» — одна из характерных для тюркоязычных фамилий, прошедших русификацию. Сравните с фамилиями Алиханов, Батырханов, Султанханов. В отличие от них, основа «Абай» реже встречается в фамилиях, что делает Абаиханову менее распространённой, но этимологически прозрачной: любой носитель языка, знакомый с тюркской лексикой, сразу поймёт, что речь об уважаемом человеке.