Фамилия Абаиханова — это женская форма, образованная от мужской фамилии Абаиханов. Её основа — редкое для русской ономастики составное тюркское имя Абай-хан (или Абайхан). Первая часть, «Абай», означает «старший брат», «дядя» или «наставник», а в переносном смысле — «уважаемый», «почтенный». Вторая часть, «хан», — это титул правителя, владыки. Вместе имя переводится как «почтенный правитель» или «уважаемый хан». Такие имена-титулы давали у народов Северного Кавказа, тюркских групп Средней Азии и Поволжья.

Мужская форма фамилии строится по модели «имя + суффикс -ов-»: Абаихан-ов. Этот суффикс указывает на принадлежность, то есть «сын Абайхана». Женский вариант Абаиханова получается добавлением окончания -а — стандартный способ русификации фамилий в русском языке, когда дочь или жена носит фамилию отца или мужа. Такая модель характерна для фамилий, которые возникли в XIX–XX веках у народов, вошедших в состав Российской империи, и фиксировались через русскую администрацию.

Словообразовательная схема «личное имя + хан + ов» — одна из типичных для тюркоязычных фамилий, прошедших русификацию. Сравните с фамилиями Алиханов, Батырханов, Султанханов. Однако основа «Абай» в фамилиях встречается реже, поэтому Абаиханова менее распространена, но этимологически прозрачна: любой, кто знаком с тюркской лексикой, сразу поймёт, что речь об уважаемом человеке.

Географически фамилия Абаиханова чаще всего встречается в регионах проживания кумыков, ногайцев, казахов, а также у народов Дагестана. Исходное личное имя Абайхан могли дать ребёнку в знак уважения к старшему родственнику или как пожелание высокого социального статуса. Встречается и вариант без суффикса — Абайханова, что, возможно, говорит о более поздней записи фамилии прямо по исходной форме имени.