Фамилия Абаткова — женская форма фамилии Абатков, и её редкость сразу бросается в глаза. В русском ономастиконе нет ни одной распространённой фамилии с таким корнем, что заставляет искать нестандартное объяснение.

Самый вероятный путь — через прозвище или профессию. Основа «абат» в русских говорах могла быть искажением слова «абат» — так в некоторых регионах называли настоятеля католического монастыря (от лат. abbas, «отец»). Если предок носителя фамилии был связан с католической церковью или жил на западе Российской империи, где влияние униатства и католицизма было сильным (например, в Белоруссии или на Украине), прозвище Абат могло закрепиться за ним. Суффикс -к- в основе Абатков указывает на уменьшительную или уничижительную форму: «маленький абат» или «сын абата». То есть фамилия могла означать «потомок человека, которого звали Абатом» — либо по должности, либо по прозвищу, данному в насмешку.

Другая версия — топонимическая. В польском и чешском языках есть слово «abat» (аббат), а также фамилии Абат, Абатович. Если семья переселилась из Польши или Прибалтики, фамилия могла адаптироваться к русскому звучанию. В таком случае Абаткова — это «та, кто из рода Абатковых», где -ов-/-ев- — типичный русский патронимический суффикс.

Географически фамилия Абаткова встречается крайне редко, преимущественно в центральных и южных регионах России, а также в Беларуси. Это не массовая фамилия, что подтверждает её локальное происхождение — возможно, от конкретного прозвища одного человека, которое не получило широкого распространения.

Словообразовательная модель проста: Абат (прозвище) + -к- (уменьшительный суффикс) + -ов (притяжательный суффикс, указывающий на принадлежность) + -а (женское окончание). Таким образом, Абаткова буквально — «дочь или жена Абаткова», где Абатков — «сын Абата». Это типичная для русских фамилий цепочка, но с необычным корнем, который выбивается из привычного списка «Иван — Иванов — Иванова».